新型コロナウイルスについて調べました
どうも、KRAZです。
中国、武漢に端を発する新型コロナウイルスが猛威を振るっています。
分子生物学を学んできた身として、素人に毛が生えた程度だと思いますが他の皆さんとは違う角度で示していきます。
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新型コロナウイルスの特徴を分子生物学的に示す
こちらは最初に報告された新型コロナウイルスについての情報です。NCBIという分子生物をかじっているものなら一度は使用経験がある、世界中で最も見られるサイトの一つです。
すでにこのサイトには1月下旬に遺伝子情報が登録されています。
このサイトではBLAST検索といって、登録されている遺伝子情報から相同性の高い別の遺伝子情報を照合することができます。この、新型コロナウイルスについて、BLAST検索を行ってみます。(最も一般的なBLASTNで、megablastで検索しました。)
その結果が以下になります。
上から順に相同性の高いものになります。2020.2.4時点で相同性100%に近いものは2019-nCoV というもので、これは新型コロナウイルスを示します。
次点で相同性の高いものは全てSARS関連のものとなります。
したがって、この新型ウイルスはSARSの変異型ウイルスの可能性が高いということになります。(当然ですが)
また、この検索結果からわかることとして、相同性95%の遺伝子情報にBat=コウモリ由来のSARS様ウイルスがヒットしています。おそらくこれが新型ウイルスが世間一般でコウモリ由来のものであると言われている所以だと思います。95%の相同性で2018年の3月に登録されていますので、最近のデータということになります。この2年で5％の遺伝子変異があったとするならば、なかなか早いペースだなと個人的に思います。
一方で、次点の相同性82.34%のSARSの情報は2004年の1月に登録されています。15年の歳月で15%程度の変異があったということでしょうか。
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また、先ほどのデータを視覚的に表したのが以下の図になります。
一番上が相同性100%の新型コロナウイルスで、だんだんと一致している部分(赤い棒）が減っているのがわかるかと思います。かなりの部分でコウモリのものと一致しているので基本的にはこのウイルスが元となって変異が起きたと考えるのが順当でしょう。
一つ気づいたこととして、SARS様ウイルスのCDS領域が265-21476(21212塩基)なのに対し新型ウイルスは266-21555(21290)で、78塩基増えていることです。
この78塩基分増えた部分がどこに当たるかはもう少し詳しい解析が必要なので割愛します。
さて、ここからが本題ですが、コウモリ由来のコロナウイルスが変異してできたとすれば、感染元はコウモリということになりますので、コウモリを叩く必要があるかと思います。果たして中国にそれができるのか？また明らかにヒトヒト感染が起こっていますが、その感染力は未だ未知数です。最も大きい理由としては中国共産党が示している数値に信憑性が持てないことです。下手をすると桁が一つ違うのではないかと個人的には思っています。
また、気になる情報として、武漢にはウイルス研究所があることが挙げられます。実はこの施設は武漢の市場から30 km程度のそこまで遠くない距離にあります。ネット上で散見されるのはここからウイルスが漏れたのではないか？ということです。現時点では肯定も否定もできないかと思われます。もしウイルスが漏れたとしても決してその情報は出さないとは思いますが（笑）現状なんとも言えません。また、HIVウイルスの配列が4箇所挿入されているという査読中の論文（現在は撤回）も筆者は軽く目を通しています。個人的にはこちらもなんとも言えません。ただし、一つ言えるのは挿入配列が短いのでHIVウイルス様の配列に似てくる部位があるのは自然なことかなと思いました。ただし、筆者らは受容体に関する部位の変異でありその偶然性に疑問は呈しています。手法的に叩かれても仕方のない論文だと思いますが、インド工科大学の研究者の考察は一読すべきだとは思います。このことについて人工的な挿入かどうか、現時点では否定も肯定もできません。なぜなら人為的でない証明ができないからです。
ネット上には様々な情報があふれていますが、現状の正解はとにかくウイルスを国内に入れないことだと思います。日本はもっと検疫や入国審査を強化し、中国からのヒトの移動を大規模に制限すべきだと考えています。個人的にやや謎が多いこのウイルスはとにかく国内に持ち込ませないことが良いと考えます。
また記事は更新するかもしれません。
今日はこの辺りで。
最後まで見ていただきありがとうございました。
